Mata adalah indera yang menjadi jalur informasi utama (80%) dalam kehidupan sehari-hari sejak dilahirkan sampai usia tua. Mata terdiri dari kelopak mata, sistim lakrimal, jaringan lunak orbita dan tulang orbita serta  bola mata ;  merupakan satu kesatuan fungsional yang saling berkaitan satu sama lainnya, sehingga standar pelayanan kesehatan mata paripurna harus meliputi semua organ mata tersebut.

Tahun 1994–2000 Rumah Sakit Mata Masyarakat Propinsi Kalimantan Timur berperan sebagai Pra Balai Kesehatan Mata Masyarakat ( Pra BKMM ). Keputusan Gubernur nomor 25 tahun 2001 menjadi Balai Kesehatan Mata Masyarakat ( BKMM )

Melalui peraturan Gubernur Nomor 43 tahun 2006 tentang perubahan pertama atas Peraturan Gubernur Nomor 03 tahun 2005 menjadi Balai Kesehatan Mata dan Olahraga Masyarakat ( BKMOM ) sampai dengan tahun 2016.

Upaya Kesehatan Mata dan Pencegahan Kebutaan (UKM-PK) dan Penanggulangan Kebutaan Katarak Paripurna (PKKP), serta Rencana Strategi Nasional Penanggulangan Gangguan Penglihatan dan Kebutaan Nasional 2003 (PGPK) yang dijalankan oleh pemerintah dan masyarakat, termasuk organisasi – organisasi profesi dan lembaga sosial kemasyarakatan bertujuan untuk mewujudkan optimalisasi fungsi penglihatan dalam rangka meningkatkan kualitas hidup masyarakat serta menunjang harapan hidup produktif. 

Karena kebutuhan dan kesadaran masyarakat akan pentingnya kesehatan mata terus meningkat, dalam rangka meningkatkan pelayanan yang lebih bermutu sehingga tercapai kepuasan pasien, maka BKMOM telah berupaya memperbaiki proses internal sehingga berdasarkan SK Gubernur No.74 Tahun 2019 tentang pembentukan rumah sakit mata provinsi Kalimantan Timur, maka status Balai Kesehatan Mata dan Olahraga Masyarakat sudah dapat ditingkatkan menjadi Rumah Sakit Mata Provinsi Kaltim pada tanggal 31 Desember 2019.

                Rumah Sakit Mata Provinsi Kalimantan Timur berkomitmen meningkatkan kualitas hidup masyarakat melalui pelayanan kesehatan mata dan mengutamakan keselamatan pasien. Serta berupaya untuk selalu menjadi yang terdepan dalam pelayanan kesehatan khususnya dibidang mata.

                Rumah Sakit Mata Provinsi Kalimantan Timur mempunyai tugas memberikan pelayanan kesehatan perorangan secara paripurna meliputi pelayanan rawat inap, rawat jalan dan gawat darurat. Pelayanan kesehatan paripurna sebagaimana dimaksud meliputi Pelayanan Kesehatan yang Promotif, PReventif, Kuratif dan Rehabilitatif. RS Mata memiliki otonomi dalam pengelolaan keuangan, barang milik Daerah, serta kepegawaian.

Organisasi RS Mata terdiri dari:

1. Direktur

2. Sub Bagian Tata Usaha

3. Seksi Pelayanan Medis dan Keperawatan

4. Seksi Penunjang Medis dan Non Medis

5. Staf Medik Fungsional

6. Komite

7. Satuan Pemeriksa Internal